Uetzing ist eine sog. Würzburger Urpfarrei, d.h. sie bestand schon vor der Gründung des Bistums Bamberg im Jahr 1007 und gehörte ursprünglich zum Bistum Würzburg. Die Uetzinger Kirche zählt mit großer Wahrscheinlichkeit zu den sog. 14 Slawenkirchen von Karl dem Großen (+ 814). Damit dürfte spätestens um das Jahr 800 in Uetzing ein Gotteshaus gestanden haben, möglicherweise schon früher in merowingischer Zeit (spätes 7. bzw. 8. Jh.).
Die erste urkundliche Erwähnung Uetzings erfolgt hingegen erst im Jahr 1144. Damals vertauschte Bischof Embricho von Würzburg (+ 1146) die dem Stift St. Burkhard in Würzburg gehörige Pfarrkirche zu „Utzingen“ mit ihren Zehnten an das Kloster Michelsberg zu Bamberg gegen Güter im Bistum Würzburg.
Der älteste Bestandteil der heutigen Pfarrkirche ist der gotische Chor, dessen Wölbung in das 15. Jahrhundert zu datieren ist. In dieser Zeit erhielt auch der im Kern hochmittelalterliche Kirchturm seine heutige Gestalt. 1559 erfolgte laut einer Inschrift ein Neu- bzw. Umbau des Langhauses. In seiner heutigen Form errichtete es jedoch der Staffelsteiner Maurermeister Johann König im Jahr 1719.
Der barocke Stuck des Chores stammt laut einem Chronogramm im Gewölbe aus dem Jahr 1730. Das Langhaus hingegen wurde erst 1781 durch Heinrich Seelmann aus Mistelfeld mit einer neuen Stuckdecke versehen, nachdem der alte Stuck während der Christmette 1779 von der Decke gefallen war.
Die ehemalige barocke Ausstattung der Kirche, vor allem die Altäre wurden 1877 nach Neuhaus bei Hollfeld verkauft. Stattdessen schaffte der damalige Pfarrer Heinrich Carl (1835 – 1919) – ganz im Sinne des Historismus – eine neugotische Inneneinrichtung an. Diese wurde nach dem Zweiten Weltkrieg wieder entfernt und teilweise durch Gemälde des aus Breslau stammenden Madonnenmalers Paul Plontke (1884 – 1966) ersetzt, die sich an mittelalterliche Tafelbilder anlehnen.
Die Pfarrkirche hat den heiligen Johannes den Täufer als Kirchenpatron, was wiederum auf ihr hohes Alter als Tauf- und Missionskirche verweist